Sekretariat Daerah (Setda) Pemerintah Daerah Kabupaten Natuna
Menempati gedung kantor bupati yang beralamat di Jl. BatuSisir Bukit Arai, Ranai. Memiliki peran utama membantu pimpinan daerah. Setda dipimpin oleh Sekretaris Daerah (Sekda) dengan tugas dan kewajiban membantu Bupati dalam penyusunan dan pengordinasian administrative terhadap pelaksanaan tugas Perangkat Daerah serta pelayanan administratif.
Berdasarkan peraturan Bupati Natuna Nomor 1 tahun 2022 Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Staf Ahli, Sekretariat Daerah, Sekretariat Dewan Perwakilan Rakyat Daerah, Inspektorat Daerah Dan Badan Kabupaten Natuna, Sekda dibantu tiga asisten yang membawahi beberapa bagian.
Pertama yakni Asisten Pemerintahan dan Kesejahteraan Rakyat dengan 4 bagian di bawahnya yakni Bagian Tata Pemerintahan, Bagian Kesejah teraan, Bagian Hukum dan Bagian Kerja Sama. Kedua yakni Asisten Perekonomian dan Pembangunan dengan tiga bagian yakni Bagian Perekonomian dan Sumber Daya Alam, Bagian Administrasi Pembangunan dan Bagian Pengadaan Barang dan Jasa. Ketiga yakni Asisten Administrasi Umum yang juga membawahi tiga bagian yakni Bagian Organisasi, Bagian Umum, dan Bagian Protokol dan Komunikasi Pimpinan.
Dalam menjalankan tugasnya masing-masing bagian didukung subbagian yang berada dibawahnya juga dibantu sejumlah staf. Selain jabatan structural juga ada kelompok jabatan fungsional dengan garis koordinasi langsung pada Sekda.